scRNA-seq：轉(zhuǎn)錄組+VDJ 分析 - 專題

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infercnv運(yùn)行測(cè)試2---這個(gè)只有15步就完成了
一人默默學(xué)習(xí)inferCNV的時(shí)候历涝，你或許需要看看別人的運(yùn)行記錄铅鲤，這里我提供一份完整記錄。 1. 代碼 2.過(guò)程 INFO [2021-03-1...

Seurat_Satija 1 1
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：可視化套件
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||...

1.2 周運(yùn)來(lái)就是我 0 20 1

pySCENIC
pySCENIC is a lightning-fast python implementation of the SCENIC pipelin...

1.3 五谷吃不完了 4 15
SCENIC運(yùn)行
SCENIC官網(wǎng)教程 SCENIC運(yùn)行的數(shù)據(jù)準(zhǔn)備需要表達(dá)矩陣和細(xì)胞信息兩個(gè)文件博个。 1.包的下載 2. 評(píng)分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)的下載手動(dòng)下載兩個(gè)文件，然后...

0.9 醫(yī)學(xué)小白學(xué)生信 5 17
使用SCENIC分析singlecell-RNAseq實(shí)戰(zhàn)演練
SCENIC全稱：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering實(shí)戰(zhàn)之前需要準(zhǔn)備...

2.3 喂雞組的阿翔 7 26 1
SCENIC
安裝相關(guān)：在服務(wù)器上安裝SCopeLoomR時(shí)提前，輸入如下 devtools::install_github("aertslab/SCopeLo...

0.3 鬧鐘又響了 0 5
單細(xì)胞數(shù)據(jù)（scRNAseq）可以做GSEA嗎崇渗？
單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)也可以做gsea，步驟跟用RNAseq的數(shù)據(jù)差不多急前，主要是要用到差異基因并且根據(jù)Fold change來(lái)排序醒陆。選擇自己數(shù)據(jù)的物種...

1.0 生信編程日常 0 13

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析--再說(shuō)Seurat
上期我們講了使用Seurat分析單個(gè)樣本，那么2個(gè)或多個(gè)樣本的分析會(huì)有哪些不同呢裆针？單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個(gè)重要的問(wèn)題就在于批次效應(yīng)刨摩，任何一個(gè)試驗(yàn)步...

0.6 HOLLYxiao 16
單細(xì)胞測(cè)序分析: Seurat V3聯(lián)合harmony進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析
#R包導(dǎo)入 #數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)下載pbmc_stim 數(shù)據(jù)導(dǎo)入 #初始化Seurat 對(duì)象使用Harmony之前，需要構(gòu)建一個(gè)Seurat對(duì)象世吨，進(jìn)...

2.3 JeremyL 3 18
scRNA-使用sctransform去除批次效應(yīng)
劉小澤寫(xiě)于19.10.10上一次介紹了使用Seurat 的merge函數(shù)來(lái)合并4個(gè)樣本（各有2個(gè)生物學(xué)重復(fù)）的8組數(shù)據(jù)澡刹，但是merge只是將原始...

2.4 劉小澤 7 23